根分岐部の歯槽骨が溶けて（吸収して）空間ができた状態が根分岐部病変です。これに対し、骨を移植してこの部分の空間をなくす治療法が骨移植術であり、歯肉弁剥離掻爬術と同時に行います。骨は分岐部病変の近隣の歯槽骨や骨隆起から採取します。上顎臼歯部後方部（上顎結節部）や下顎臼歯部頬側後方部（下顎隆起部）からはまとまった量の骨が採取可能です。採取した骨は破骨鉗子等を用いて粉砕し、分岐部の空間に填入します。

上記のように骨移植術は口腔内の他の部位から骨を採取する自家骨移植が基本です。ただし、骨採取のために複数箇所に傷を作ること、ダメージ、採取できる骨量に限界があることなど問題もあります。これに対して、他家骨（死者から採取した骨）や異種骨（ウシやブタの骨）、人工骨（ハイドロキシアパタイトやリン酸カルシウム）を用いることもあります。