歯周病菌は、酸素のある環境ではほとんど活動できない細菌です。歯周病菌は歯と歯肉の境目（歯周ポケット）に巣を作り、進行するにつれてポケットが深くなるため酸素が届きにくく、そのため活動しやすくなるのです。そこで、歯周ポケットを浅くして酸素を届きやすくする（歯周病菌が生息できない状態にする）ため、外科手術を行います。たとえ歯ブラシが届かないほどの深い歯周ポケットでも、歯の根の4分の1がアゴの骨に付いていたら、手術で炎症部を取り除くことが可能です。そして、術後は歯磨きなどで歯垢（プラーク）をなくすケアを行えば新しい結合組織が生まれ、歯とアゴの骨とが自然につながります。

外科手術に先立って、最初の2ヶ月間は歯石除去とスケーリング・ルートプレーニング（SRP)を行います。その後、歯周精密検査を行って歯周ポケットの深さを再測定します。この時点で依然として深い歯周ポケットが残っている歯に対して外科手術を追加します。外科手術の方法は状況に応じて種々の術式から最適なものを一つもしくは組み合わせて選びます。