上述のように、歯磨きでは全ての歯垢を取り除くことはできません。しかし、そのまま放置しておくと口腔内は歯周病菌のなすがままになってしまい、近い将来必ず重大な結果を引き起こしてしまいます。そこで、別のアプローチが必要となります。歯磨きによって歯の表面をこすり、プラークを取り除く方法を機械的プラークコントロールといいますが、実はもう一つ別の方法、すなわち「化学的なプラークコントロール」が存在するのです。それは、メトロニダゾールという抗生物質の内服やアムホテリシンＢという抗真菌剤でのうがい、またミノサイクリンという抗生物質の歯周ポケット内への注入などを指します。しかし困ったことに、これらの薬物は試験管内における実験では歯周病菌を殺菌する強力な効果を示すものの、実際に用いると期待通りの効果が上がらないのです。理由は、限られた期間と回数で行う治療であるために効果が持続しにくいからです。つまり、長期間使用すると副作用や薬剤耐性などの問題が発生するため、薬物の使用が制限されてしまうのです。